人の心の音色『フェアリーコード』が聞こえるという、
不思議な体質の女子高生リレイは「音の外れた空間」に迷い込み、怪物に襲われてしまう。
しかしそこで、夜空色の大剣を携えた妖精の少女ルミスフィレスと出会い、窮地を脱する。
その後、とある怪物を追っていた2人の前に現れたのは、吸血鬼の末裔ソウヤであった。
見知らぬ異界の東京と呼ばれる街に飛ばされた「君」は、ふたりの少女リレイとルミスフィレスと出会う。
彼女らの話によれば、今この街では暴走妖精が次々と現れ、
フェアリーコードが不安定になっているという。
東京では「紅い雪」が降り、フェアリーコードの乱れは
目に見える形で現れていた。
しかし、それは崩壊のはじまりに過ぎなかった。